Радикальные изменения в политической, экономической, духовной жизни нашей страны в 80-90 годы прошлого века  привели к её социально-экономическому кризису, криминализации общества, росту безработицы, нищете одних и богатству других. Трудящиеся, понимая, что отсутствуют реальные рычаги воздействия на процессы в трудовой сфере, выходят на борьбу за свои права. Началом этой борьбы явилась июльская стачка шахтеров в 1989 года. Она вспыхнула в Кузбассе, а затем охватила Донбасс, Воркуту, другие угольные центры.

15 февраля 1996 года прошла Вторая областная конференция профсоюзов НСО, в работе которой приняли участие 159 делегатов, а также секретарь ФНПР Фролова Т.Л., председатель Новосибирского областного Совета депутатов Сычев А.П., заместитель главы администрации НСО Нестеров Ю.В., мэр города Новосибирска Толоконский В.А .
На конференции был избран Председатель ФП НСО - Бабаков В.В. и его заместители Винокуров Г.А. и Вастьянова Л.Н.
В выступлениях участников конференции отмечалось, что профсоюзы области, несмотря на сложную обстановку не распались, сумели выжить и научились отстаивать права человека труда. Был принят Устав ФП НСО.