Бабаков В.В. трудовую деятельность начал в 1956 году после окончания Воронежского государственного университета учителем, а затем директором Огнево-Заимковской средней школы Черепановского района, Черепановской школы-интерната. С 1963 г. по 1984 г. работал в партийных органах: заместителем секретаря Черепановского сельского производственного парткома, вторым секретарем Маслянинского райкома партии, заместителем заведующего отделом пропаганды и агитации Новосибирского обкома КПСС.
Более 20 лет Бабаков В.В. трудится в профсоюзных органах: секретарем Новосибирского облсовпрофа, председателем обкома профсоюза работников агропромышленного комплекса, председателем Федерации профсоюзов Новосибирской области, секретарем ФНПР, представителем ФНПР в Сибирском федеральном округе.
Бабаков В.В. на всех занимаемых постах проявил себя принципиальным, грамотным, инициативным руководителем.
Возглавляя более девяти лет Федерацию профсоюзов Новосибирской области, Бабаков В.В. внес большой вклад в становление и развитие социального партнерства. Велика его заслуга в том, что в труднейшие кризисные годы урегулирование коллективных трудовых споров осуществлялось преимущественно путем ведения переговоров. Это в значительной степени способствовало снижению социальной напряженности, позволило до минимума свести число забастовок в области.
Бабаков В.В. требовательный к себе и коллегам по работе, в обращении с людьми проявляет чуткость и заботу, пользуется заслуженным авторитетом у профсоюзных кадров и актива, хозяйственных руководителей. Принимает активное участие в общественной жизни области, более 12 лет возглавляет Новосибирское отделение Фонда мира.